在防治畜禽傳染病過程中，合理消毒可以有效殺滅外界環境中的病原微生物，切斷傳染病的傳播途徑，達到理想的消毒效果。但是對于畜禽免疫之后的消毒，有個普遍的認識，即接種疫苗前后3天禁止消毒，以便防止消毒藥影響免疫結果，從而避免免疫失敗。但是這種認識其實是個誤區，尤其是禽病的防疫。
第一，我們目前幾乎還沒有免疫后立即產生免疫保護的免疫疫苗和技術，短則一周，長要半月。具體到禽流感的免疫，一般來說滅活疫苗注射后機體需14天到21天才能產生有效的免疫保護，免疫后必須要為等待畜禽體內產生免疫力爭取20天的時間。這20天非常關鍵，如果重大禽病免疫后不消毒，無疑就增加了家禽在免疫期間被感染的機會，十分危險！
第二，前后3天就是近一周的時間。對于免疫項目少、免疫周期長的情況還可以，可是對于飼養雛雞來講，就是個大問題，免疫程序完全把消毒時間給擠沒了，使得整個育雛期幾乎沒有時間安排消毒，這個問題就大了。其實這也是很多養殖者免疫之后幾天就發生各種疫情的原因。因此，畜禽免疫期間不消毒的習慣，隱患極大。
第三，畜禽免疫前后往往是舍內塵土飛揚，驚群頻頻，畜禽處于應激狀態，生理機能防御能力極差，如果此時接觸病原微生物，發生疫情在所難免。
當然，接種疫苗前后3天禁止消毒這一顧慮也不是毫無道理，因為消毒的確可以殺滅活疫苗。
尤其針對飲水免疫、滴鼻免疫及噴霧免疫所使用的活弱毒疫苗，一般慣例要求免疫前后2天、3天或飲水中加入其他有配伍禁忌的藥物時，應暫停消毒。
看來免疫和消毒有矛盾，其實不然，消毒對免疫的影響，至今還沒有精確的令人信服的科學實驗數據（廣大養殖戶希望研究人員有這方面的實驗數據）。相反有些實際例子說明，正確的消毒不會干擾免疫效果。
例如注射免疫，注射之前必須要給注射部位消毒，之后還要給注射部位尤其是針孔周圍再消毒一次，而并沒有因消毒而發生免疫失敗。再分析其他免疫。飲水免疫有1~2小時后再正常供水的要求；噴霧免疫有“噴后經15分鐘才可通風的要求。我們知道，飲水、通風也都起到了一定的消毒作用，如果正常供水，通風都不會干擾免疫效果，那么恰當正確的“體外”消毒也不會干擾免疫效果。
總之，搜牧喜蛋認為，畜禽免疫期間不能消毒的認識是個誤區。那么免疫之后何時消毒呢？一般可根據免疫方法來確定。重大禽病的注射免疫之后可以立即消毒，如空氣、飲水、噴霧消毒等等；而飲水免疫、滴鼻免疫及噴霧免疫之后間隔2個小時以上即可消毒，并且保持消毒效力可持續達到21天以上。
免疫之后及時消毒，對于在發生傳染病時采用緊急免疫接種更是必須的，它可以阻擊病原微生物的進攻，為畜禽體內產生免疫力爭取到必要的時間。所以我們經常說：“做好消毒，養殖無憂”。